La infraestructura en la mayoría de las ciudades tiene solo una provisión de agua potable que se utiliza para beber, cocinar, la higiene personal, lavar ropa, limpiar y regar el jardín. Es un desperdicio usar agua potable para limpiar el inodoro. Es muy eficiente tener varios grados de agua (para el lavado de ropa, limpieza, agricultura etc., un grado de agua más bajo se podría utilizar). Hay tres grados de agua (1) agua potable: alta calidad, limpia, con aceptablemente bajos niveles de patógenos, sal, productos químicos tóxicos, etc. (2) aguas grises: aquellas aguas residuales de los hogares (por ejemplo, de duchas, lavado de ropa y cocinar) que no contiene materia fecal, y (3) el agua negra: aquellas aguas residuales de los baños, etc., que han estado en contacto con la materia fecal humana y contiene patógenos. Las aguas residuales de talleres y laboratorios pueden requerir tratamiento adicional debido a la contaminación con, por ejemplo metales pesados y productos químicos industriales. El diseño inteligente de la red de agua y el material que entra en el flujo de residuos (por ejemplo, detergentes) es importante para maximizar el uso eficiente del agua y facilitar el reciclaje y la reutilización.

Dependiendo de la ubicación, el agua puede proceder de ríos, manantiales o agua de lluvia. Se llevarán a cabo pruebas y seguimiento de la calidad del agua, y el agua se filtrará como el principal método de limpieza (si es necesario) para hacer el agua potable. El agua de lluvia se recoge en tanques desde los tejados de los edificios. El agua se almacena en tanques y luego se bombea a un tanque colector para proporcionar una alimentación por gravedad a los edificios. El agua del río se podría bombear desde el río hasta la comunidad utilizando una energía de transporte del agua proveniente del mismo río.

Las aguas grises serán procesadas en los estanques de retención, donde se produce la filtración y el agua se limpia por procesos bioquímicos naturales. Estos estanques serán profundas y tienen capas de rocas, grava y arena para filtrar lentamente el agua y las plantas especialmente seleccionadas para eliminar nutrientes y purificar el agua. Estos estanques serán ajardinados para parecer una parte natural del medio ambiente. Se evaluará si el bambú (para la construcción) puede ser plantado en estos estanques, ya que tienen altos requerimientos de agua.

Como la ubicación seleccionada en la selva del Perú tiene muy alta precipitación, es importante diseñar la gestión de las aguas pluviales y de drenaje adecuadamente para evitar la inundación. Esto es importante porque el agua sucia y el mal drenaje son factores importantes de enfermedades (en particular con respecto a las enfermedades transmitidas por mosquitos en esta área). Los desechos humanos de los inodoros se recogen actualmente en letrinas de compostaje. Dentro del diseño de la aldea se recogerán los residuos fecales en un reactor bioquímico para producir metano (para cocinar).