La infraestructura de agua en la mayoría de las ciudades de hoy en día proporciona un único suministro de agua potable que se usa para beber, bañarse, lavar ropa y platos, regar jardines, etc. Es innecesario y derrochador tirar los inodoros con agua potable y es más eficiente tener varios grados de agua para diferentes propósitos. Se pueden clasificar tres grados principales: (1) agua potable: agua limpia de alta calidad con niveles aceptablemente bajos de patógenos, sal y productos químicos tóxicos; (2) aguas grises: aguas residuales domésticas (por ejemplo, de duchas, lavado de ropa y cocina) que no contienen materia fecal; y (3) agua negra: aguas residuales de inodoros que contienen patógenos. Las aguas residuales de talleres y laboratorios pueden requerir un tratamiento adicional debido a la contaminación con, por ejemplo, metales pesados y productos químicos industriales. El diseño cuidadoso de la red de agua y el material que ingresa al flujo de desechos (por ejemplo, detergentes) es importante para maximizar el uso eficiente del agua y facilitar el reciclaje y la reutilización.

La ubicación del campus (en una región tropical del Perú) tiene acceso al agua de un río cercano y mucha lluvia. El agua de lluvia es la fuente más limpia para beber y se recoge en los tanques de las ranuras, luego se bombea a los tanques de cabecera para alimentar por gravedad a los edificios. Actualmente, el agua de lluvia se usa exclusivamente para todos los fines. Sin embargo, en el futuro, se usará solo para cocinar, beber e higiene personal. Para lavar la ropa, la limpieza y la agricultura, se puede usar un grado inferior de agua (por ejemplo, agua de río o reciclada). Tenemos varias etapas de purificación del agua de lluvia. Primero, los filtros de malla y un sistema de «primer enjuague» evitan que las hojas y otros desechos del techo ingresen al tanque. Esta agua luego pasa a través de filtros de cerámica antes de ser recolectada en el tanque de cabecera. Tanto los tanques de almacenamiento como de cabecera tienen luces UV sumergidas para matar bacterias y virus (y evitar que los hongos crezcan en los tanques). Estos métodos producen agua potable sin la necesidad de cloro u otros productos químicos.

Hemos construido un pequeño sistema de procesamiento de aguas grises para la casa existente. Este consiste en un tanque subterráneo de dos etapas que permite la sedimentación lenta de las partículas en el agua. El agua más limpia pasa desde la parte superior del tanque a un estanque de retención donde el agua se filtra y limpia mediante procesos bioquímicos naturales. Se seleccionó una variedad de plantas amantes del agua para limpiar el agua y el estanque está ajardinado para que sea una característica atractiva del jardín y se vea como una parte natural del medio ambiente. En el caso de estanques más grandes para futuros edificios, se evaluará si se puede plantar bambú y otros materiales técnicos (para la construcción, etc.) en estos estanques, ya que tienen altos requerimientos de agua.
Otro aspecto importante del manejo del agua es el drenaje adecuado y el manejo del agua de lluvia ya que tenemos precipitaciones estacionales muy altas y es importante evitar inundaciones. Esto es especialmente importante ya que el agua sucia y el drenaje deficiente son factores de enfermedad importantes (particularmente con respecto a las enfermedades transmitidas por mosquitos en esta área). Actualmente se recolectan desechos humanos de inodoros en letrinas de compostaje. En el futuro, los desechos del inodoro se recogerán en un bioreactor para producir gas metano (para cocinar).